Doktorand i medicinsk vetenskap: polymikrobiell urinvägsinfektionsmodell

Lunds universitet grundades 1666 och rankas återkommande som ett av världens främsta lärosäten. Här finns omkring 46 000 studenter och 8 500 medarbetare i Lund, Helsingborg och Malmö. Vi förenas i vår strävan att förstå, förklara och förbättra vår värld och människors villkor.

Beskrivning av verksamheten

Tjänsten är placerad vid laboratoriet Microbial Evolutionary Genetics (MEG), som leds av Johannes Cairns vid Institutionen för experimentell medicinsk vetenskap, Medicinska fakulteten, Lunds universitet.

Forskargruppen studerar mikrobiell evolution, antibiotikaresistens och mikrobiella interaktioner med hjälp av experimentell evolution, mikrobiell ekologi, bioinformatik och kvantitativ analys. Gruppen kombinerar experimentell mikrobiologi med dataanalys och samarbetar med nationella och internationella forskningsmiljöer.

Doktoranden kommer att arbeta vid BMC i Lund i en liten tvärvetenskaplig forskningsmiljö med nära handledning och samarbete mellan experimentella och beräkningsinriktade forskare.

Forskargruppens webbplats: https://johannescairns.github.io/meg-lab/.

Projektbeskrivning

Doktorandprojektet "Predicting eco-evolutionary dynamics in a polymicrobial urinary tract infection model" undersöker hur artinteraktioner påverkar antibiotikarespons, samhällssammansättning, biofilmsbildning och resistensutveckling i en definierad femartsmodell för urinvägsinfektioner. Projektet kombinerar longitudinella experiment i planktoniska och biofilmsystem med kvantitativ analys. Arbetet omfattar experimentell evolution, bakterieodling och fenotypning, antibiotika-dos-respons, sekvenseringsbaserad analys av samhällssammansättning samt statistisk modellering och bioinformatik. Projektet ingår i DDLS-miljön och genomförs i samarbete med forskare vid Lunds universitet och andra universitet.

Arbetsuppgifter och ansvarsområden

Huvudarbetsuppgifterna för en doktorand är att ägna sig åt sin forskarutbildning och därför kommer du både vara antagen som student och anställd vid Lunds universitet.

Du kommer att:

• Planera och genomföra longitudinella experiment med definierade polymikrobiella UVI-modellsystem
• Etablera, underhålla och kvalitetssäkra mikrobiella odlingssystem, inklusive planktoniska och biofilmbaserade modeller
• Genomföra bakterieodling, provtagning, tillväxtkvantifiering, antibiotika-dos-respons och resistensfenotypning
• Sätta dig in i och använda universitetets system för kemikaliehantering, riskbedömning och elektronisk laboratoriedokumentation
• Arbeta i ett BSL-2-laboratorium och följa gällande biosäkerhetsrutiner, riskbedömningar och lokala säkerhetsföreskrifter
• Analysera experimentella data i R och/eller Python och bidra till statistisk modellering och visualisering
• Analysera sekvenseringsbaserade och, efter behov, andra omikdata
• Delta i experimentell planering, datahantering, manusförfattande, seminarier och vetenskapliga konferenser
• Genomföra obligatoriska kurser och andra moment inom forskarutbildningen

Kvalifikationer

Krav för antagningen är:

• Avlagd examen på avancerad nivå, fullgjorda kursfordringar om minst 240 högskolepoäng, varav minst 60 högskolepoäng på avancerad nivå, eller på något annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper
• God förmåga av att tillgodogöra sig forskarutbildningen
• Minst 60 högskolepoäng inom ett ämnesområde relevant för medicinsk vetenskap

Krav för anställningen är:

• Du har en masterexamen inom mikrobiologi, molekylärbiologi, bioteknik eller annat område relevant för projektet
• Du har dokumenterad praktisk erfarenhet av experimentellt mikrobiologiskt laboratoriearbete, inklusive bakterieodling, aseptisk teknik och kvantifiering av mikrobiell tillväxt
• Du har erfarenhet av att etablera och underhålla definierade mikrobiella odlingssystem och arbeta med syntetiska eller polymikrobiella bakteriesamhällen
• Du har dokumenterad erfarenhet av in vitro-modeller för polymikrobiella urinvägsinfektioner eller ett nära jämförbart infektionsrelevant polymikrobiellt modellsystem
• Du har erfarenhet av experiment som undersöker antibiotikarespons, mikrobiella interaktioner eller evolutionära förändringar i bakteriesamhällen
• Du har grundläggande erfarenhet av datahantering och analys i R och/eller Python
• Du har mycket goda kunskaper i engelska i tal och skrift
• Du är självgående och uthållig, har god skriftlig förmåga och kan arbeta strukturerat både självständigt och i samarbete med andra

Meriterande för anställningen är:

• Du har erfarenhet av biofilmsystem, kateterrelaterade modeller eller andra infektionsrelevanta biofilmsystem
• Du har erfarenhet av experimentell evolution och/eller forskning om antimikrobiell resistens
• Du har erfarenhet av statistisk modellering, bioinformatik eller analys av sekvenseringsbaserade mikrobiella data
• Du har erfarenhet av arbete i forskningslaboratorium eller kliniskt mikrobiologiskt laboratorium
• Du har erfarenhet av kvantitativ mikrobiell fenotypning, exempelvis flödescytometri

Stor vikt kommer att läggas vid hur den sökande genom sin erfarenhet och kompetens bedöms ha den förmåga som behövs för att klara forskarutbildningen.

Vi erbjuder

Lunds universitet är en statlig myndighet vilket innebär att du får särskilda förmåner, generös semester och en förmånlig tjänstepension. Som doktorand vid Lunds universitet är du både antagen som student och anställd vilket ger flera förmåner. Läs mer om att vara antagen och anställd vid på universitetets webbplats.

Som doktorand i MEG Lab får du tillgång till modern mikrobiologisk laboratorieinfrastruktur vid BMC, nära handledning och deltagande i DDLS-nätverkets utbildningar och vetenskapliga möten. Projektet ger träning i både experimentell mikrobiologi och kvantitativ dataanalys samt möjlighet till samarbete med nationella och internationella forskare.

Läs mer på universitetets webbplats om att vara anställd hos oss Jobba hos oss.

Vänligen se annonsen i sin helhet via länk: https://lu.varbi.com/what:job/jobID:971233/